Em cladística, dá-se o nome de estrutura a qualquer componente de um indivíduo que possua ou que já possuiu uma determinada função ao longo de sua história evolutiva. Podem ser modificadas, adquirindo novas características. Não deve ser confundida com "caractere", já que esta última se refere a modificações numa estrutura. Dessa forma, ao se comparar diferentes indivíduos, não se fala em caracteres homólogos ou análogos, se fala em estruturas homólogas ou análogas. Por exemplo, o ADN é uma estrutura química.
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A comparação entre indivíduos permite definir a relação entre suas estruturas. Essa relação pode ser de homologia ou de analogia.
São estruturas de indivíduos, de espécies diferentes ou não, que têm a mesma origem embriológica. Um exemplo clássico é o braço humano comparado à asa do morcego. São duas estruturas com características diferentes, mas tanto o homem quanto o morcego são descendentes de um mesmo ancestral que possuía uma estrutura semelhante às atuais.
São estruturas semelhantes, de espécies diferentes, que possuem a mesma função, mas não foram adaptadas a partir de um ancestral comum entre os indivíduos a serem comparados. Por exemplo, a asa de uma ave comparada à asa de uma mosca. Ambas foram modificadas, ao longo da evolução, desempenham a mesma função (convergência evolutiva), mas não possuem a mesma origem embriológica.