Johann Natterer (9 de novembro de 1787 - 17 de junho de 1843) foi um naturalista e explorador austríaco.
Seu pai pai era o zoólogo, Josef Natterer (1754-1823), ele tinha um irmão, Joseph Natterer, Jr. (1776-1852) que também era um naturalista. [1]
Depois de estudar química, anatomia, história natural e desenho, ele viajou pela Europa em 1806.
No ano de 1817, o Imperador Francisco I da Áustria [2] financiou uma expedição ao Brasil por ocasião do casamento da sua filha Maria Leopoldina de Áustria com o príncipe herdeiro, Dom Pedro de Alcântara, que mais tarde viria a tornar-se imperador do Brasil.
Natterer foi o zoólogo da expedição, juntamente com outros naturalistas incluindo Johann Baptist von Spix e Carl Friedrich Philipp von Martius. Johann Natterer permaneceu na América do Sul, 18 anos, até 1835.
Não existem trabalhos publicados de suas expedições, e suas anotações e o diário de viagem foram destruídas em um incêndio ocorrido em 1848 em Viena.
Voltou a Áustria, com uma grande coleção de espécimes que hoje fazem parte da coleção com mais de 60.000 insetos do "Departamento Brasileiro" no "Naturhistorisches Museu".
O morcego Myotis nattereri' (Kuhl, 1817), recebeu este nome como uma homenagem ao naturalista.